Le fonctionnement du Parc National de Mohéli tourne autour de 5 principales missions :

• Protection des forêts, bassins versants, écosystèmes terrestres et des espèces associées ;
• Protection des écosystèmes marins, côtiers et des espèces associées ;
• Surveillance et lutte contre toute forme de braconnage ;
• Appui au développement économique des communautés locales ;
• Communication, Sensibilisation et Education environnementale ;