Depuis la création du parc marin en 2001, puis son extension à la partie terrestre en 2015 pour en faire le Parc National de Mohéli, le Gouvernement des Comores appuie et accompagne le parc dans ses activités. Il s’est notamment engagé à soutenir ce dernier par un
financement annuel de 10 millions de francs comoriens (soit 20 400 euros). Les procédures d’opérationnalisation de cette dotation budgétaire de l’Etat en faveur du parc sont actuellement en cours. Même si ce budget est relativement faible compte tenu des priorités du parc à plusieurs niveaux, il permettra toutefois quelques actions ponctuelles importantes pour les missions du parc. Mais le Ministère en charge de l'environnement et tutelle du PNM apporte surtout son concours dans les aspects administratifs et législatifs qui encadrent le fonctionnement du parc.
Depuis le début du premier projet de soutien au parc, l'Agence Française de Développement est le principal bailleur du PNM. Dans le cadre notamment du « Projet de développement du Parc National de Mohéli », un budget de 3 millions d'euros dont la moitié est destinée à la création d’un fond fiduciaire/Fond pour l'Environnement des Comores (FEC) pour une autonomie financière et durable du parc, avec l'appui d'autres bailleurs étrangers potentiels.
Le reste du budget (1, 5 million d'euros), disponible pour le fonctionnement régulier du parc, a permis la mise en oeuvre de ses principales missions de recherche, de suivis scientifiques, de conservation, de sensibilisation, de communication, et d'appui au développement local. De
nombreuses actions concrètes ont eu lieu grâce à ce soutien financier de l’AFD, utilisé également au profit des communautés villageoises. Ce financement s'achève en 2020 et de nombreux espoirs existent sur une suite à venir, indispensable pour la continuité des missions engagées.
Pour sa part, le Programme des Nations Unies pour le Développement, soutient le parc depuis sa création, à travers un appui essentiellement logistique et technique. Les deux véhicules 4x4 notamment et deux motos de marque Honda ont été fournis par le PNUD et s'avèrent indispensables pour le fonctionnement du parc à travers plusieurs missions dans l’ensemble de l’île de Mohéli. Le PNUD contribue également à la mise en place du Réseau National des Aires Protégées des Comores (RNAP) en finançant une partie des 5 nouveaux parcs nationaux du pays, en complément de celui de Mohéli qui est la première aire protégée de Comores et la seule officiellement en place à ce jour. Grâce à ce soutien, l'Agence des Aires Protégées des Comores, devrait pouvoir coordonner ces 6 parcs nationaux et leur apporter le soutien scientifique et technique nécessaire dans les premières phases de leur existence. De ce point de vue, l'expérience de près de 20 ans du PNM sera précieuse et servira d'exemple
pour les nouveaux parcs nationaux.
Le Prince Albert II de Monaco est connu pour son engagement en faveur de la protection de l'environnement, en particulier dans de domaine marin. Sensibilisée aux nouveaux besoins du PNM pour sa stratégie de protection marine, la Fondation Prince Albert II de Monaco, a
apporté un soutien précieux de 340 000 euros pour :
Pour compléter les actions conduites annuellement par le parc, la Commission de l'Océan Indien a apporté son soutien financier en 2017 en finançant plusieurs 7 petits projets concrets à Mohéli au profit d'associations insulaires, partenaires du parc et sélectionnés parmi ceux proposés par la plateforme de concertation SHAWIRI. Ils sont en général liés à ceux d'autres sites protégés de l'Océan Indien Sud -Ouest, et ont fait l'objet d'échanges d'expériences très enrichissants pour chaque structure.
